Laktozna intoleranca in alergija na mleko imata podobne simptome, najpogosteje želodčne in prebavne motnje, vendar ima vsaka bolezen drugega povzročitelja.

Alergija na mleko nastane zaradi prevelikega odziva imunskega sistema na določene beljakovine v mleku, kot so kazein, α-laktoglobulin, β-laktoglobulin in sirotkine beljakovine, ki jih vsebuje kravje mleko. Pri starejših se alergija na mleko kaže z izpuščaji na koži, pri majhnih otrocih pa se poleg izpuščajev pojavijo tudi prebavne težave, kot so diareja, črvičenje, krči ipd.

Laktozna intoleranca nastane preprosto zaradi padca količine encima laktaze in ni povezana z imunskim sistemom. Človek, ki je alergičen na mleko, mleka in mlečnih izdelkov ne sme piti, tisti, ki pa ima laktozno intoleranco, pa lahko brez težav pije mleko in mlečne izdelke brez laktoze.